Sejarah penubuhan Sekolah Menengah Kebangsaan Agama (SMKA) bermula dengan pengambilalihan 11 buah Sekolah Agama Negeri dan Rakyat oleh Kementerian Pelajaran Malaysia pada tahun 1977. SMKA telah berkembang kepada 60 buah sekolah sehingga kini.

Idea awal penubuhan SMKA diilhamkan oleh Pengarah Bahagian Agama Kementerian Pelajaran ketika itu, Allahyarham Tuan Haji Nik Mohammed Mohyideen bin Haji Wan Musa. Hal ini memang menjadi hasrat Kementerian Pelajaran Malaysia dan hasrat masyarakat Islam yang sedar akan faedahnya. Sebelum ini beberapa langkah telah diambil dengan memberi bantuan kepada sekolah-sekolah agama rakyat dan mencadangkan sekolah-sekolah itu mempraktikkan sistem baharu.

Penubuhan SMKA seiring dengan usaha pemodenan sistem pendidikan negara. Proses penambahbaikan sistem pendidikan Islam di sekolah-sekolah agama sesuai dengan perkembangan semasa. Justeru, ilham Allahyarham Haji Nik Mohyideen bin Haji Wan Musa ini telah direalisasikan oleh Allahyarham Tan Sri Dr. Abdul Hamid bin Othman dan Allahyarham Dato Haji Mohamed Zainal Abidin bin Haji Abdul Kadir.

Pada tahun 1970-an sekolah-sekolah menengah agama rakyat kurang mendapat sambutan kerana sistem pentadbirannya yang tidak teratur dan kurang prasarana. Pada masa yang sama, kesedaran masyarakat terhadap pendidikan semakin meningkat. Oleh itu Kementerian Pelajaran Malaysia pada masa itu telah berunding dengan kerajaan-kerajaan negeri di Semenanjung Malaysia agar sistem pentadbiran dan kurikulum di sekolah-sekolah agama diselaraskan dengan sekolah menengah harian.

Kebanyakan sekolah agama sebelum ini menitikberatkan Pengajian Islam dan Bahasa Arab sahaja tanpa memberi perhatian kepada mata pelajaran yang lain seperti yang wujud di Sekolah Menengah Kebangsaan (SMK) misalnya mata pelajaran Sains, Matematik, Geografi dan lain-lain. Fenomena ini berlaku kerana sekolah-sekolah agama tidak berkemampuan untuk menyediakan bilik-bilik makmal yang lengkap. Implikasinya lulusan sekolah agama kurang mampu bersaing dalam pasaran sumber tenaga manusia dan cabaran masyarakat semasa.

i. Mendidik murid dengan keperibadian Islam;

ii. Membekalkan ilmu yang memenuhi tuntutan duniawi dan ukhrawi;

iii. Memperkembangkan potensi murid dari segi minat, kreativiti, sahsiah dan kepimpinan; dan

iv. Memberi peluang kepada murid untuk melanjutkan pelajaran dalam pelbagai bidang ilmu dalam dan luar negara.

i. Mencapai kecemerlangan kurikulum dan kokurikulum;

ii. Melahirkan murid yang mengamalkan akhlak mulia;

iii. Membentuk generasi murid sebagai pemimpin yang boleh diteladani;

iv. Melahirkan murid yang mempunyai ketahanan diri dalam menghadapi cabaran budaya yang bercanggah dengan nilai-nilai Islam; dan

v. Menyediakan murid yang dapat memberi sumbangan yang berkesan bagi memenuhi keperluan negara dan ummah.

"Usaha yang terancang, terkawal dan berterusan berasaskan panduan ilmu, iman dan amal soleh serta budaya Islam dan suasana pembelajaran yang seimbang kearah melahirkan pelajar yang berilmu pengetahuan, seimbang, cemerlang, berakhlak mulia, bertakwa dan bertanggungjawab untuk mengamalkan cara hidup islam serta mampu memberi sumbangan yang bermanafaat kepada agama, diri, ummah dan Negara.

Bagi merealisasikan hasrat menjadi SMKA sebagai institusi pendidikan terbilang, warga SMKA akan komited :

• Menterjemahkan Falsafah Pendidikan Kebangsaan dalam membentuk realiti ilmu dan penghayatan Al-Quran dan Al-Sunnah

• Menjana Individu cemerlang dan kuat pegangan agama

• Mengamalkan budaya kerja berkualiti, telus, efisien dan efektif berasaskan nilai-nilai Islam

• Melaksanakan pendekatan bestari yang komprehensif dan efektif dalam pengurusan kurikulum, hal ehwal murid dan kokurikulum

• Mewujudkan prasarana yang mencukupi dan persekitaran yang kondusif berteraskan iklim sini

• Mewujudkan jalinan pemuafakatan dengan ‘stakeholder’, kominiti setempat dengan agensi-agensi luar

• Berusaha mengamalkan budaya hidup Islam

• Banyak peluang melanjutkan pelajaran

• Menguasai B. Arab, jawi & Kemahiran Al-Quran

• Potensi menjadi tenaga pakar yang faham Islam

• Lahir pendakwah yang berhikmah & bertanggungjawab